Sorina CAMARASU-POP, ingénieur de recherche CNRS, et Tristan GLATARD, chercheur CNRS, travaillent au laboratoire CREATIS à Lyon dans le domaine des systèmes distribués pour des applications d’imagerie médicale.

Ils développent en particulier la plateforme « Virtual Imaging Platform » (VIP).
Tristan est actuellement chercheur invité à l’institut neurologique de l’université McGill de Montréal (MNI).

Sorina CAMARASU-POP, Hugues BENOIT-CATTIN et Tristan GLATARD
Sorina CAMARASU-POP, Hugues BENOIT-CATTIN et Tristan GLATARD

 

Bonjour Sorina, bonjour Tristan.
Pouvez-vous vous présenter et nous expliquer comment vous en êtes arrivés à travailler ensemble sur la grille ?

Sorina CAMARASU-POP
J’ai suivi le cursus du département Télécommunication de l’INSA Lyon jusqu’à mon diplôme en 2007. J’ai intégré ensuite CREATIS en tant qu’ingénieur de recherche.
A ce moment-là, Hugues Benoit-Cattin dirigeait l’activité grille au sein de CREATIS. Cette activité avait démarré plusieurs années en arrière sous l’impulsion du CERN.
J’ai rencontré Tristan en 2008 à son arrivée à CREATIS.

 

Tristan GLATARD
Mon premier contact avec CREATIS date de 2004, année où j’ai débuté mon stage de master sur l’Indexation d’images médicales sous l’encadrement de Johan MONTAGNAT.
Lorsque Johan part pour Sophia Antipolis, il m’invite à le suivre pour continuer notre collaboration par une thèse sur les systèmes distribués et la grille en particulier pour le traitement des images médicales. Cette thèse a été co-encadrée par Johan MONTAGNAT et par Xavier PENNEC de l’INRIA. Elle fut pour moi l’occasion de travailler sur EGEE dans l’Organisation Virtuelle BioMed. J’ai pu toucher du doigt les problèmes liés au développement d’une application pour l’imagerie médicale tournant sur la grille. Ce fut une expérience très enrichissante parce qu’elle m’a ouvert à des technologies innovantes.

J’ai ensuite fait un post-doctorat à Amsterdam pendant un an avec Silvia OLABARRIGA. J’ai continué de travailler sur la grille EGEE mais dans le cadre d’une Organisation Virtuelle plus petite que BioMed, ce qui favorisait plus l’expérimentation.

A la suite de mon post-doctorat, j’ai postulé auprès du CNRS et plus précisément au laboratoire CREATIS parce que ma première expérience au sein de CREATIS avait été très enrichissante et aussi à cause de la volonté affichée du laboratoire de contribuer au développement de la grille.
J’ai donc été recruté en 2008 en tant que chargé de recherche et c’est à ce moment-là que j’ai commencé de travailler avec Sorina.

 

Sorina CAMARASU-POP
Nous nous étions rencontrés une fois avant que Tristan ne soit embauché. Je l’avais appelé à l’aide pour l’installation d’un outil pour la grille sur lequel il avait travaillé pendant sa thèse et j’avais pu déjà apprécier sa patience (rires). Notre collaboration à son arrivée chez CREATIS s’est donc faite naturellement.

 

Dites-nous en plus sur le projet sur lequel vous avez collaboré ?

Sorina CAMARASU-POP
En 2008, je travaillais sur la parallélisation de GATE sur la grille avec David Sarrut. GATE est un simulateur Monte-Carlo de transport de particules. Il permet de réaliser des simulations de tomographie (CT) , tomographie par émission de positons (TEP) et radiothérapie. …
Comme je le disais plus tôt, à l’arrivée de Tristan, notre collaboration a été très naturelle.

 

Tristan GLATARD
A mon arrivée à CREATIS, mon projet de recherche était d’étudier les systèmes de calcul en production. En effet, la théorie est parfois bien loin de la pratique lorsqu’on utilise les grilles. Je devais étudier les habitudes d’utilisation de la grille pour la faire évoluer au plus près des besoins des utilisateurs. CREATIS est un vivier d’utilisateurs de la grille important et donc le terrain idéal pour ce type d’études.

Nous avons donc travaillé, avec Sorina, au développement d’outils logiciels de type portail à partir d’un navigateur web. Des portails pour la grille existaient déjà mais ils étaient alors en pleine expansion. Nous avons développé un portail dédié au traitement des images médicales sur la grille, baptisé VIP pour Virtual Imaging Platform.

Actuellement, nous avons plusieurs centaines d’utilisateurs de VIP grâce à l’aide de DIRAC sur l’infrastructure de France Grilles et EGI. Nous pouvons poursuivre nos études des systèmes de calcul sur cette base et valider nos choix pour l’évolution du portail VIP. Ces travaux sont décrits dans les thèses de Sorina et de Rafael Ferreira da Silva qui ont largement contribué à l’avancement de VIP.

 

Sorina CAMARASU-POP
Tristan et Hugues BENOIT-CATTIN, de par leur perspective scientifique sur les développements de la plateforme, m’ont motivé dans mon investissement dans le projet, ce qui m’a amené à réaliser cette thèse.

 

Qu’est-ce qui vous a amené à travailler sur l’infrastructure EGI et France Grilles ?

Tristan GLATARD
Le choix de cette infrastructure ne vient pas de nous. Isabelle Magnin et Johan MONTAGNAT avaient déjà fait ce choix dans les années 2000. Ils ont toujours eu la volonté d’emmener les communautés d’utilisateurs à plus d’implication dans le processus de développement de la grille, dans le cadre d’EGEE à l’époque.

 

Sorina CAMARASU-POP
Les équipes ont démarré dans le projet DATAGRID, avant notre arrivée. Les recherches se sont poursuivies naturellement sur l’infrastructure EGI.

 

Tristan GLATARD
En effet, la VO BioMed, grâce au travail de Vincent BRETON entre autres, est devenue incontournable dans le domaine de l’imagerie médicale. Elle fournit des ressources très importantes (plusieurs dizaines de milliers de processeurs) qui sont aujourd’hui simples à utiliser grâce à toutes les améliorations apportées par ses utilisateurs depuis 10 ans.

 

Quel ressenti avez-vous de l’utilisation de l’infrastructure EGI, France Grilles ?

Sorina CAMARASU-POP
C’est une expérience très enrichissante. Nous avons été confrontés à de nombreuses difficultés mais le travail que nous avons effectué pour en venir à bout a été intéressant et valorisant.

 

Tristan GLATARD
Gérer un service comme VIP demeure complexe :

– Le contact permanent avec les utilisateurs est valorisant car ils sont nombreux. Mais cela entraine aussi des blocages importants car les utilisateurs sont par nature impatients et donc rapidement frustrés par les problèmes techniques qu’ils rencontrent et le temps, jugé toujours trop long, de résolution de ces problèmes.
– Notre rôle premier est de mener à bien nos sujets de recherche. L’équilibre entre le temps consacré à la recherche et la nécessité de résoudre « au jour le jour » les problèmes rencontrés par les utilisateurs est très difficile à trouver. On se retrouve vite absorbé par les demandes d’aide des utilisateurs et les problèmes engendrés par une grille en production.

 

Comment voyez-vous l’avenir ?

Tristan GLATARD
C’est une question bien difficile mais nécessaire. Nous devons voir plus loin que les technologies existantes. Nous devons continuer d’innover, inventer de nouvelles technologies. Nous ne devons pas nous installer dans une routine.
Nous devons axer nos efforts immédiats sur le passage au cloud et à la virtualisation qui sont déjà en cours mais qui demandent un travail de développement de nos applications pour les adapter spécifiquement au cloud.

Quand, combien et où déployer les machines virtuelles pour optimiser les coûts de consommation? Ces questions sont à l’étude et doivent trouver une réponse dans un avenir très proche.
Un autre axe d’étude est le traitement d’un volume de données produites toujours plus important. Actuellement, ce problème n’est pas complètement traité par VIP qui était initialement dédié à la simulation plus qu’au traitement de données. Nous devons donc faire évoluer notre plateforme VIP pour l’adapter au traitement de masses de données plus importantes. C’est le cas par exemple en neurologie où il est nécessaire de traiter typiquement 400 à 500 images par application. L’utilisation doit être aussi simple que pour un volume d’images traitées moindre, comme c’est le cas actuellement.

 

Sorina CAMARASU-POP
En parallèle nous devons continuer à maintenir les services existants et les développer. Et cela sans perdre de vue la recherche scientifique.
Une de nos activités de recherche est la simulation de ces mécanismes. Dans ce cadre, le but est de pouvoir rejouer les exécutions réelles lancées à partir de la plateforme VIP afin de comprendre, étudier et améliorer leur performance.

 

Tristan GLATARD
Un aspect qui sera toujours présent et qui nous tient à cœur est le service aux utilisateurs. Nous devons rester à l’écoute permanente des attentes des utilisateurs et surveiller les évolutions de leurs habitudes d’utilisations pour déterminer vers où orienter les développements.
C’est comme le téléphone portable. Au départ il nous permettait « juste » de téléphoner de n’importe où. Les évolutions technologiques font que le smartphone actuel nous permet de faire tellement plus que notre utilisation a évolué. Et parallèlement nos demandes d’utilisation évoluent aussi.
Pour revenir à VIP, à l’origine les scientifiques l’ont choisi pour sa puissance de calcul importante. Nous voyons aujourd’hui l’utilisation de VIP évoluer. De plus en plus, les utilisateurs choisissent VIP pour l’échange, l’accès simplifié et le partage des données, ainsi que l’accès aux applications.

 

Merci beaucoup à tous les deux de nous avoir accordé de votre temps malgré les contraintes géographiques de chacun (Tristan est actuellement au Canada).

(Propos recueillis par Silvia GERVOIS)

Haut de page